2043年7月15日、各々のプレイヤーによって千差万別、否、“無限”のパターンの進化を辿る独自のシステム<エンブリオ>を有するダイブ型VRMMO<Infinite Dendrogram>が発売された。

それまでのVRMMOが実現できず、技術的に不可能とされてきた要素を備えていた<Infinite Dendrogram>は瞬く間に一大ムーブメントとなって世界を席巻した。

大学受験を終えて東京で1人暮らしを始めた青年・椋鳥玲二は、長い受験勉強の終了を記念して、かねてより兄に誘われていた<Infinite Dendrogram>を始めるのだった──。